Sekelompok orang yang disebut Uighur mendirikan kerajaan pertama mereka di tempat yang sekarang adalah Mongolia tengah-utara di abad ke-8. Mereka kemudian pindah ke tempat yang sekarang disebut barat laut Cina, bergabung dengan orang-orang Turki dan Persia lainnya yang sudah tinggal di wilayah tersebut. Kelompok-kelompok ini secara kolektif adalah nenek moyang kaum Uighur kontemporer.
Pada tahun 1884, wilayah ini di bawah kendali Beijing dan secara resmi ditetapkan sebagai provinsi yang disebut Xinjiang, atau Perbatasan Baru. Uighur (Muslim berbahasa Turki) adalah kelompok etnis dominan di wilayah tersebut.
Selama perang saudara Cina, para pemimpin Uighur mendirikan Republik independen berumur pendek yang disebut Turkestan Timur selama dua periode yang terpisah: pertama pada tahun 1933 dan kemudian pada tahun 1944.
Cina mendirikan Daerah Otonomi Xinjiang Uighur, dan sekelompok besar orang Cina Han (kelompok etnis mayoritas negara) didorong untuk pindah ke provinsi tersebut. Populasi Cina Han tumbuh dari waktu ke waktu sampai mereka menyaingi Uighur sebagai salah satu kelompok etnis terbesar di Xinjiang.
Pada 1990-an Warga Uighur mulai memprotes penindasan dan perlakuan tidak adil di tangan pemerintah dan otoritas Cina.
